این باکتری‌ها همچنین منجر به تقویت انرژی و سیستم ایمنی بدن شما می‌شوند. مشکل این است که گاهی اوقات عادات بد غذایی می‌تواند عملکرد این باکتری‌ها را دچار مشکل کرده و کیفیت زندگی شما را کاهش دهد.
خطرناک‌ترین غذاها که تعادل باکتری‌های روده را بهم زده و سلامت این عضو بدن را تحت تاثیر قرار می دهند از این قرارند:
دانه‌های با گلوتن بالا: اگرچه فیبر موجود در دانه‌ها عملکرد روده را بهبود می‌بخشد، گلوتن دانه‌های تصفیه شده می‌تواند منجر به برخی مشکلات گوارشی شود. گلوتن به طور صحیح هضم نشده یا متابولیزه نمی‌شود و در نتیجه عوارضی مانند آلرژی یا واکنش‌های جانبی را به همراه دارد. مصرف بیش از حد گلوتن منجر به افزایش سطح التهاب می‌شود و اگر این التهاب کنترل نشود، با بیماری‌های خودایمنی مانند دیابت، آرتروز، آلزایمر، لوپوس، فیبرومیالژیا، ام اس و بیماری کرون همراه خواهد بود.
گوشت قرمز: خوردن گوشت قرمز به طور منظم نه تنها خطر ابتلا به نقرس را افزایش می‌دهد، بلکه می تواند با افزایش التهاب در بدن، عملکرد روده‌ها را نیز مختل کند. گوشت قرمز در مقایسه با گوشت مرغ یا بوقلمون دیر هضم است و می‌تواند منجر به التهاب شکم و نفخ شود. علاوه بر این گوشت قرمز میزان باکتری‌های خوب روده را کاهش می‌دهد و خطر ابتلا به عفونت را بالا می‌برد.
غذاهای سرخ شده: این غذاها که بسیار خاصیت اعتیادآور دارند، در طولانی مدت باعث اختلالات متابولیکی و مشکلات وزن می‌شوند. در کوتاه مدت عارضه این نوع غذاها از این قرار است: روده را تحریک می‌کنند و اسید معده را افزایش می‌دهند. همچنین مشکلاتی از قبیل ریفلاکس ایجاد می‌کنند. افراد مبتلا به سندرم روده تحریک پذیر، گاستریت و دیگر اختلالات گوارشی باید از این غذاها به شدت اجتناب کنند.
لبنیات: در حالی که محصولات لبنی می‌توانند مواد مغذی مورد نیاز بدن شما را تامین کنند، افرادی که دچار عدم تحمل لاکتوز هستند، باید از مصرف آنها اجتناب کنند. چربی، لاکتوز و سایر پروتئین‌های لبنیات به طور مستقیم بر سلامت روده‌ها تاثیر می‌گذارند و میکروبیوم آنها را تغییر می‌دهند. لبنیات پرچرب همچنین منجر به التهاب و سایر مشکلات گوارشی در بدن می‌شوند. افراد مبتلا به عدم تحمل لاکتوز باید نوع بدون لاکتوز و حاوی پروبیوتیک این محصولات را انتخاب کنند.
غذاهای تند: فلفل از جمله غذاهایی که خاصیت آنتی اکسیدانی دارد و از شما در برابر آسیب‌های ناشی از رادیکال های آزاد محافظت می‌کند. با این حال مصرف بیش از حد غذاهای تند سبب التهاب جدی در پوشش معده و روده شما می‌شود و این روند برای افرادی که مشکلات گوارشی دارند خطرناک است. سوزش سر دل، ریفلاکس اسید و گاستریت از جمله علائم مصرف بیش از حد غذاهای تند است.
قهوه و نوشابه: قهوه و سودا با افزایش ریفلاکس اسید و التهاب روده ارتباط دارند. این نوشیدنی‌ها با مقادیر بالای شکر و مواد افزودنی، باعث اسهال و دردهای شدید شکمی می‌شوند.
مواد غذایی کنسرو و پردازش شده: آنچه صنعت تمایلی ندارد که مردم بدانند این است که مواد مغذی غذاهای کنسرو و پردازش شده بسیار کم هستند. در عوض این غذاها سرشار از مواد افزودنی هستند که سلامت روده را تحت تاثیر منفی قرار می‌دهند. مواد افزودنی این محصولات خطر ابتلا به بیماری‌های متابولیک، سندرم روده تحریک پذیر و انواع مختلف سرطان‌ها را بالا می‌برند.